Pada 30 Ogos 1999, sebuah pungutan suara telah dijalankan di Timor Timur dan majoriti telah memilih untuk kemerdekaan daripada Indonesia. dipegang di East Timor dan suatu majoriti yang banyak mengundi untuk bebas. Tentera Indonesia bertindak dengan memulakan sebuah kempen keganasan yang mengakibatkan kemusnahan yang banyak. Walaupun kerajaan Indonesia menolak sangkaan bahawa mereka telah mengizinkan kempen ini, mereka telah ditegur kerana gagal mencegahnya. Disebabkan tekanan dari PBB yang diketuai oleh Portugal sejak lewat 70an dan dari Amerika Syarikat dan Australia pada tahun 90an, sebuah pasukan keamanan (INTERFET) yang diketuai oleh Australia memasuki Timor Timur untuk mengembalikan keamanan. Gusmão juga telah dibebaskan. Sekembalinya beliau ke Dili, Gusmão memulakan sebuah kempen perdamaian dan pembinaan semula.

Gusmão dilantik ke sebuah peranan kanan di dalam PBB yang mentadbir Timor Timur hingga 2002. Pada masa ini, beliau sering berkempen untuk perpaduan dan keamanan dalam Timor Timur, dan pada umumnya dianggap sebagai pemimpin yang lazim (de facto) di wilayah itu. Sebuah pilihan raya telah dijalankan pada lewat 2001 dan Gusmão, disokong oleh sembilan parti tetapi bukan oleh Fretilin, berkempen sebagai kandidat bebas dan berjaya dilantik sebagai pemimpin. Oleh itu, Gusmão telah dijadikan presiden sebuah negara Timor Timur yang merdeka pada 20 Mei 2002.

Gusmão telah menulis sebuah autobiografi yang bertajuk, "To Resist Is to Win" (Menentang Adalah untuk Menang). Beliau kini berumahtangga dengan Kirsty Sword, seorang rakyat Australia yang beliau temui dalam penjara di Jakarta dan mempunyai tiga orang anak: Alexandre, Kay Olok, dan Daniel.